Desde synaptics:
Synaptic es el gestor de paquetes por defecto en Debian (incluyendo Ubuntu) y en otras distribuciones.
Para eliminar los paquetes innecesarios de nuestro equipo, abrimos Synaptic (Sistema > Administración > Gestor de Paquetes Synaptic).
En la parte izquierda encontramos una columna. La última opción “No instalados (Conf. residual)” es la que nos interesa. Pulsamos sobre ella y nos muestra el listado de paquetes que no necesitamos y ocupan espacio en nuestro sistema.
Tenemos que marcarlos con la opción “Marcar para eliminar completamente”. Si son muchos paquetes, en lugar de ir uno a uno, seleccionalos todos. Y pulsando las teclas Mayusculas+Suprimir los marcas todos de golpe.Para terminar simplemente pulsamos en "aplicar".
Desde la línea de comandos :
Desde la línea de comandos tenemos, como siempre, mayor versatilidad. Estos comandos sirven en cualquier distribución linux que use apt.
apt-get autoremove
Borrra los paquetes instalados de manera automática y ya no son necesarios.
apt-get autoclean
Borra del cache de apt los paquetes que están des-actualizados.
apt-get clean
Borra todos los paquetes de la cache de apt.
deborphan
Lista las librerías instaladas que no están siendo usadas por ningún paquete.
aptitude search “~c”
Lista los paquetes que están marcados como “configurados”, osea que fueron instalados y luego desinstalados.
Entonces con:
apt-get autoremove
apt-get autoclean
apt-get remove `deborphan`
apt-get purge `aptitude search “~c” | awk ‘{ print $2; }’`
Haría una limpieza de cosas innecesarias. El último comando hace lo que dice este post pero mas cool.
Además si se si quiere liberar mas espacio, se puede ejecutar:
apt-get clean
Fuente: 120% linux